P. philippinus trưởng thành dài khoảng 10 cm. Cơ thể của P. philippinus có màu xám than chì; vảy có viền đen tạo thành các họa tiết mắt lưới. Đầu có các vệt chấm màu xanh lam. Mắt có vòng trắng hẹp bao quanh đồng tử. Đuôi, phía sau vây lưng và vây hậu môn có màu vàng. Gốc vây ngực có một đốm đen. Cá con có một khoảng màu vàng ở thân sau. Pomacentrus magniseptus ở rạn san hô Great Barrier trước đây từng bị nhầm lẫn với P. philippinus[3][4].

Số ngạnh ở vây lưng: 13; Số vây tia mềm ở vây lưng: 14 - 15; Số ngạnh ở vây hậu môn: 2; Số vây tia mềm ở vây hậu môn: 14 - 16[2].

Thức ăn của P. philippinus là rong tảo và và các động vật không xương sống nhỏ[2].